Το Σχολείο της Αγίας Σοφίας ιδρύθηκε το 1922 κατά τη διάρκεια μιας εκστρατείας που οργάνωσε η ελληνική κοινότητα του Λονδίνου με σκοπό τη συγκέντρωση χρημάτων για τους πρόσφυγες της Μικρασιατικής Καταστροφής. Ο Αρχιμανδρίτης της εκκλησίας της Αγίας Σοφίας, Ιλαρίων Βασδέκας, ο οποίος πρωτοστατούσε στη συγκέντρωση πόρων, αποφάσισε να οργανώσει ένα σχολείο του Σαββάτου για να βοηθήσει όχι μόνο τα παιδιά των προσφύγων αλλά και όλα τα παιδιά φτωχών οικογενειών Ελλήνων που ζούσαν στο Λονδίνο. Ο Αρχιμανδρίτης και δύο βοηθοί συγκέντρωναν τους μαθητές στην Κρύπτη της εκκλησίας το πρωί του Σαββάτου και τους δίδασκαν ελληνικά.
Το Σχολείο πήρε τη μορφή που γνωρίζουμε σήμερα στα τέλη της δεκαετίας του 1950 με διευθυντή τον Πατέρα Αρίσταρχο Μαυράκη. Οι επίτροποι της εκκλησίας την εποχή εκείνη συμφώνησαν ότι η εκκλησία θα ενίσχυε το σχολείο με το ποσό των 250 λιρών ετησίως. Υπήρχαν 100 μαθητές κατανεμημένοι σε 5 τάξεις, τρεις εκ των οποίων στεγάζονταν στην Κρύπτη και δύο στο Πρεσβυτερείο. Ο Κώστας Αλατόπουλος, ένας από τους δασκάλους που προσέφεραν μεγάλη βοήθεια στον Πατέρα Αρίσταρχο στην προσπάθειά του να αναδιοργανώσει το σχολείο, εισηγήθηκε τη διδασκαλία της Νέας Ελληνικής σε επίπεδο GCE (O Levels, τα σημερινά GCSEs και A Levels), εξασφαλίζοντας έτσι ότι θα παρατεινόταν η παραμονή των μαθητών στο σχολείο μετά την ολοκλήρωση των σπουδών τους στις τάξεις του δημοτικού, όπως γινόταν μέχρι τότε. Το σχολείο της Αγίας Σοφίας υπήρξε το πρώτο της ελληνικής παροικίας που προσέφερε τη δυνατότητα στους μαθητές να συμμετάσχουν σε αυτές τις εξωσχολικές εξετάσεις.
Η σταδιακή βελτίωση του σχολείου αύξανε όπως ήταν φυσικό και τις ανάγκες του: κανονικές σχολικές αίθουσες, θρανία, και βέβαια μεγαλύτερα κονδύλια. Το 1963, η διεύθυνση του σχολείου πέρασε στα χέρια του Αρχιμανδρίτη Τιμόθεου Κατσίγιαννη και συστάθηκε η πρώτη σχολική επιτροπή. Δημιουργήθηκαν τρείς μικρότερες αίθουσες στην Κρύπτη για να στεγάσουν 9 τάξεις, και περισσότερους από 150 μαθητές συνολικά.
Τη δεκαετία του 1960, το σχολείο στέλνει για πρώτη φορά μαθητές σε καλοκαιρινές κατασκηνώσεις στην Ελλάδα. Μέσα σε δύο χρόνια οργανώθηκε χορωδία και συγκρότημα παραδοσιακών ελληνικών χορών που συμμετείχαν στις γιορτές και εκδηλώσεις της παροικίας, ενώ το 1966 δόθηκε μια αξέχαστη παράσταση στο Palace Theatre του Λονδίνου, εγκαινιάζοντας τη χρυσή εποχή του σχολείου. Την ίδια χρονιά ανοίγει παράρτημα στο North Haringey που λειτουργούσε τις Δευτέρες και τις Τετάρτες μέχρι το 1977.
Στα τέλη της δεκαετίας του 1970, η Εκπαιδευτική Αρχή του Κεντρικού Λονδίνου παραχώρησε στο σχολείο της Αγίας Σοφίας αίθουσες σε δύο σχολεία, το Hallfield και το College Park. Τον Σεπτέμβριο του 1977, τον Πατέρα Τιμόθεο διαδέχθηκε ως διευθυντής ο Δρ Νικόλας Βολιώτης και από την επόμενη χρονιά το σχολείο στεγάστηκε στο Holland Park Comprehensive. Τον Ιούλιο του 1998, ο Αρχιμανδρίτης Τιμόθεος Κατσίγιαννης παραιτήθηκε από την Σχολική Επιτροπή μετά την συνταξιοδότησή του, και μόλις έξι μήνες αργότερα έφυγε από τη ζωή. Για να τιμήσουν τη μνήμη του, οι επίτροποι αποφάσισαν να θεσμοθετήσουν την απονομή βραβείων επίδοσης και γενικής προόδου σε τέσσερις μαθητές κάθε χρόνο. Η παράδοση αυτή συνεχίζεται μέχρι σήμερα και τα πιστοποιητικά βράβευσης συνοδεύονται από κουπόνια αγοράς βιβλίων τα οποία απονέμονται από τον/την εκάστοτε πρόεδρο της επιτροπής κατά την διάρκεια της σχολικής γιορτής για την επέτειο της 25ης Μαρτίου.
Ο Δρ Βολιώτης συνταξιοδοτήθηκε στα τέλη του σχολικού έτους 2009-2010 και τη θέση του πήρε η ως τότε υποδιευθύντρια Κα Αλεξάνδρα Σαμαρά για το εν τω μεταξύ διάστημα κατά την έναρξη του φθινοπωρινού τριμήνου. Το σχολείο στεγάστηκε στο παρόν κτήριο τον Ιανουάριο του 2011, με την Κα Σαμαρά ως διευθύντρια και την Δρ Όλγα Φακατσέλη ως υποδιευθύντρια.
Όταν η Αλεξάνδρα Σαμαρά συνταξιοδοτήθηκε τον Δεκέμβριο του 2017, η σχολική επιτροπή διόρισε την Όλγα Φακατσέλη ως Διευθύντρια και την Αιλίνα Γκοράτσα ως υποδιευθύντρια.
Κατά την διάρκεια της πανδημίας του κορονοϊού το 2020, τα μαθήματα συνεχίστηκαν online. Το σχολείου αναγκάστηκε να μετακομίσει προσωρινά το ακαδημαϊκό έτος 2020-2021 στο University College School.
Από τον Σεπτέμβριο του 2021 το σχολείο στεγάζεται στο Pimlico Academy.